ストーリーモードは、このゲームのメインとなるゲームモードです。各ストーリーには原作キャラクター達がライバルとして登場します。原作キャラのライバル達とレースを行い勝利していくことがストーリーモードの目的です。
またこのゲームの特徴の1つでもある「チューニング」。チューニングが行えるのはストーリーモードのみの特徴です。

次々と現れるライバルカーを次々に倒してゆくモードです。10人連続で倒すとそのゲームはクリアになります。また一定以上のタイムでクリアするとスペシャルクリア扱いになります。
コースは5コース。それぞれに1から10のレベルの敵が設定されています。
全てのコース、全てのレベルでスペシャルクリアをめざすことが10人抜きモードの目的です。

ストーリーモード、10人抜きモード、マイカータイムアタックをプレイ中に乱入モードを「乱入歓迎」にしていると他の通信筐体から乱入することができます。
本機では4台まで筐体を接続して4人同時の対戦が可能になっています。対戦で勝利すると撃墜の星を獲得できます。

タイムアタックは他車のいないコースを1台で走行し、所要時間を競うゲームモードです。

チューニングカードを使用することによりゲームのプレイ情報を保存することができます。
カードにはマイカー1台分のゲームデータが保存されます。
マイカーはチューニングを行うことにより数百馬力の劇的なパワーアップが可能です。
またゲームを攻略していくとさまざまな称号を獲得する事が出来ます。
これらの情報はカードに保存されるとともにカード表面も大きく印字されます。

湾岸ミッドナイトマキシマムチューン2ではプレイヤーのゲーム進行度に応じた「レベル」とゲームのプレイスタイルに応じた「称号」を獲得することができます。

レベルはゲーム中のレベルアップ条件を満たすことにより昇格します。
全ゲームモードを通しての進行度の指標になります。

称号はゲーム中の称号獲得条件を満たすことにより獲得できます。
ゲームモード、プレイスタイルに応じて2000以上の称号が用意されています。
また、称号は獲得時に「書き換える」「書き換えない」を選択でき、自分の好きな称号を持ち続けることが可能です。

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