ストーリーモードは、このゲームのメインとなるゲームモードです。各ストーリーには原作キャラクター達がライバルとして登場します。原作キャラのライバル達とレースを行い勝利していくことがストーリーモードの目的です。

ストーリーモードではまず敵のレベルを選びます、レベルを選ぶと当該レベルに設定されたライバルから対戦相手を選びます。制限時間内であれば自由にレベルとライバルを選ぶことができます。

ライバルとなる原作キャラより先にフィニッシュラインを通過すると勝利、先にフィニッシュラインを通過されると負け、残り時間が0になるとタイムアップになります。

ストーリーによっては1対1、もしくは1対複数のバトルになることがあります。

ストーリーモードの大まかな流れは以下の通りです。

湾岸ミッドナイトの原作をモチーフにした総集編的なお話です。
また基本チューニングもこの間に行われます。

こちらも原作をモチーフにした総集編的なお話です。
「その1」に比べて少しお話の変化した総集編になっています。
各チューナーによるチューニングおよび地獄のチューナー北見淳によるチューニングが行われます。
一部で湾岸ミッドナイトのキャラクターになりきった「誰か」が出てくることも！？

初期の原作をモチーフに、原作の流れに沿ったバトルの中に参加する形でお話が進みます。原作を読み込んでいればいるほどより楽しめるような構成になっています。

R200CLUBが登場する原作の流れを楽しめる構成になっています。
「R200CLUB編」とは言っていますが最終的な相手は‥‥‥‥？

相沢圭一郎の登場する原作の流れを楽しめる構成になっています。
スープラに熱い情熱を注ぐおやじチューナー達の熱い走り（語り）を堪能してください。

城島洸一の登場する原作の流れを楽しめる構成になっています。
旧世代の車と言われるFC3S型RX-7にひときわこだわりを見せる城島とのバトルを楽しめることでしょう。
そして80話全てをクリアしたあとに「何か」が起きる‥‥‥‥‥！？